Я делал Mind Map в freemind, а потом иногда извлекал информацию XSLT.
Но там было мало народу и информация чисто техническая.

И, конечно, бумажки. Они лучше тем, что копия никуда случайно не попадёт. Если хочется извращений, можно организовать картотеку. (Но у меня пока всё на визитку влезает ;-) )